Durant la Seconde Guerre mondiale, d'importantes parties de réseau furent endommagées ou détruites. De plus, les eaux envahirent une partie du réseau à la suite de la destruction partielle du tunnel Nord-Sud du S-Bahn qui passait sous le canal Landwehr. Les dégâts dûs à la Guerre furent rapidement réparés si bien que le métro recommença à fonctionner après le conflit.

La crise suivante fut provoquée par la construction du mur de Berlin qui sépara Berlin-Est et Berlin-Ouest. La ligne U2 fut alors divisée en deux. Les rames sur les lignes Nord Sud U6 et U8 circulaient sans arrêt dans les stations dites "fantômes" situées à Berlin-Est. Le nom de station "fantômes" fait référence au mot allemand "Geisterbahnhöfe". A l'origine, le terme est utilisé pour décrire certaines stations de métro fermées pendant la période de la division de Berlin pendant la guerre froide. Les policiers de l'Est patrouillaient pour dissuader tout occidental de descendre en cas d'arrêt de la rame et pour empêcher tout Berlinois de l'Est d'essayer de monter.

Berlin est divisé en 4 zones :  

Berlin reste divisé en 4 zones jusqu'en 1989, alors que l'Allemagne retrouve son indépendance dès 1949 :

 

- Secteur américian : les districts de Kreuzberg, Neuköln, Tempelholf, Schöneberg, Steglitz et Zehlendorf.

- Secteur britannique : les districts de Tiergarten, Charlottenburg, Wilmersdorf, Spandou.

- Secteur français : les districts de Reinickendorf et Wedding.

- Secteur soviétique : les districts de Mitte, Pernzlauer Berg, Friedrichslain, Terptow, Köpenick, Lichtenberg, Weissensee, Pankow, Marzahn, Hohenschönhausen et Hellersdorf.

 

Deux monnaies différentes :

Le Deutsche Mark fut d'abord la monnaie officielle de l'Allemagne de l'Ouest dès Juin 1948 puis de l'Allemagne réunifiée à partir du 1er Juillet 1990 jusqu'au 31 Décembre 2001, avant son remplaçement par l'Euro. Le Deutsche Mark est divisé en 100 pfennigs.
 

10 Deutsche Mark de Berlin-Ouest                    5 Pfennigs de 
                                                                         Berlin-Ouest                       

Les autorités soviétiques réagirent en créant le Mark dans leur zone d'occupation.
Le 1er Juillet 1990, l'union monétaire est réalisée avec le Deutsch Mark de l'Allemagne de l'Ouest (RFA) à parité un pour un (1 Mark était échangé contre 1 Deutsche Mark). Ces deux monnaies n'avaient cependant pas la même valeur économique étant donné la grande différence de richesse de l'Allemagne de l'Ouest capitaliste et de l'Allemagne de l'Est communiste en 1990. Cette volonté de l'Ouest d'aider à l'essor économique de l'Est fût moyennement bien accueillie par la population ouest-allemande à laquelle on demanda évidemment un effort financier.



  
          10 Mark de Berlin-Est                         5 Pfennigs de Berlin-Est